1949年6月25日，上海市军管会正式接管同济大学。由于革命形势的发展，原来各校教职员工分散的组织形式已不能够适应新的要求，上海市高教联号召全市大专学校组织员工会（全称“大专学校教职员团体联合会”），然后过渡到“高等教育工作者联合会”，由团体会员过渡到个人会员。

    当时学校教职员工中有教授联谊会、讲师助教会、职员会和工友会，四个团体协商成立员工会筹备会，各团体产生筹备委员5人，附职附中各产生筹备委员会1人。

    1949年12月5日，在北四川路底我校总办公处举行工会筹备会成立大会，同济大学员工会筹备会成立，筹备会委员22人。筹备会主席团由杨烈、瞿立林、程宗霖、陈介人4人组成。

    1949年底，为配合上海市总工会的筹备工作，在上海市高教处的号召下，筹备直接成立工会。

1950年4月1日，工会开始发展会员，首批76人入会。

1950年5月20日，举行了工会成立典礼，宣布上海市教育工作者工会同济大学委员会正式成立。

1951年6月，组成第二届工会委员会。

1962年12月，召开会员大会，选举产生第九届工会委员会。

“文革”结束，1978年7月，成立工会筹备会，登记会员1918名，发展新会员881名。  建立同济大学师生员工代表大会制度。1980年10月，召开同济大学师生员工代表大会，李国豪校长作工作报告，会议审议了《同济大学教育事业发展规划》。

1982年4月，召开第二届教代会暨第十一届工代会，选举产生了第十一届工会委员会。1985年1月，召开第三届教代会暨第十二届工代会，江景波校长作工作报告，选举产生了新一届工会委员会、经费审查委员会和教职工住房分配委员会。1986年10月，召开第四届教代会暨第十三届工代会，审议通过了《同济大学教职工代表大会暂行条例》等，选举产生了新一届工会委员会、经费审查委员会。

1991年5月，召开第五届教代会暨第十四届工代会，高廷耀校长作工作报告，选举产生新一届工会委员会、经审委。1992年12月，召开五届二次教代会，审议通过了《同济大学教职工住房分配条例》。1996年1月，召开第六届教代会暨第十五届工代会，吴启迪校长作工作报告，选举产生新一届工会委员会、经审委。六届二次教代会审议通过了《同济大学精神文明规划》、《同济大学帮困基金章程》。六届三次教代会审议通过了《同济大学教师职业道德规范》。

2001年6月，第七届教代会暨第十六届工代会召开。2005年12月，第八届教代会暨第十七届工代会召开。选举出生新一届工会委员会、经审委，讨论《同济大学教师职务岗位设置与聘任工作规程》。2006年12月，八届二次教代会全体会议表决通过了《同济大学十一五规划纲要》。2007年12月，八届三次教代会全体会议讨论《同济大学章程》。2009年1月，八届四次教代会全体会议讨论《同济大学聘用合同制度管理办法》。2010年1月，八届五次教代会全体会议表决通过了《同济大学聘用合同制度管理办法》。

2011年1月，召开第九届教代会暨第十八届工代会，选举产生新一届工会委员会、经费审查委员会。方守恩任工会主席，徐建平任经审委主任。

2011~2015年，第九届教职工代表大会、第十八届工会会员代表大会历次会议如期举行。

2016年3月，第十次教职工代表大会暨第十九次工会会员代表大会召开。选举产生了同济大学第十九届工会委员会和工会经济审查委员会，选举方守恩为同济大学工会主席。

2017年~2020年，第十届教职工代表大会、第十九届工会会员代表大会历次会议如期举行。

2021年1月，第十一届第一次教职工代表大会、第二十届第一次工会会员代表大会召开。选举产生了同济大学第十一届教职工代表大会执行委员会；选举产生了同济大学第二十届工会委员会和工会经济审查委员会，选举吴广明为同济大学工会主席。

2022~2025年，第十一届教职工代表大会、第二十届工会会员代表大会历次会议如期举行。

2026年3月21日至22日，同济大学第十二届教职工代表大会第一次会议、第二十一届工会会员代表大会第一次会议召开，回顾总结学校“十四五”发展成就经验，谋划部署“十五五”各项事业高质量发展。选举产生了同济大学第二十一届工会委员会、工会经费审查委员会、第十二届教职工代表大会执行委员会委员。会上，表彰了2021-2025年度同济大学优秀教工小家、优秀工会工作者、工会积极分子，发布了宣教服务融合平台——“同济工小会直播间”。